Proxy PACを利用することによって、サイトごと、IPアドレスごとにプロキシーを利用を制御することができます。
特定のサイトのみ、プロキシーを使わなくしたり、別のプロキシーを利用することができます。

• 社内にあるサイトだったら、プロキシーを利用しないで直接アクセスさせる

特定のドメインのみプロキシーを利用しない方法は、
Windowsの場合ですと、「プロキシの設定」の例外でもプロキシーを利用しない設定をすることができます。
また、この設定はグループで一括で設定、固定することができます。

function FindProxyForURL(url, host) {

    if (isPlainHostName(host) ||
        isInNet(host, "10.0.0.0", "255.0.0.0") ||
        isInNet(host, "172.16.0.0", "255.240.0.0") ||
        isInNet(host, "192.168.0.0", "255.255.0.0") ||
        isInNet(host, "127.0.0.0", "255.255.0.0")) {
        return "DIRECT"
    }

    if (shExpMatch(url, "http://192.168.*")) {
        return "DIRECT";
    }

    if (shExpMatch(host, "*.example.com")) {
        return "DIRECT";
    }

    // 上記以外の場合
    return "PROXY 192.168.1.10:80";
}

Webサーバに作成したPacファイルを置いて、ブラウザーのプロキシー設定で指定します。